Njegujemo duhovni život; informativno i odgojno u vjeronauku, djelom u mnogim dobrotvornim akcijama i u duhovnoj izgradnji kroz godišnju duhovnu obnovu, prigodna misna slavlja, jutarnju misu i tjedna molitvena okupljanja u kapelici sv. Josipa te dnevnom molitvom na početku i na kraju nastave.

Svake jeseni, baš kad se zahukta nastavna godina, na trenutak svi zastanemo i razmislimo o svom odnosu prema drugima, prirodi, Bogu i sebi kroz kratku duhovnu obnovu.

Sjemeništarci imaju višednevne duhovne vježbe koje završavaju hodočašćem, a ostali skupa s profesorima zapute se izvan Zagreba i tamo u prirodi i miru uz stručno duhovno vodstvo obnavljaju snagu i duh.